本次四大公投題目中有兩項屬於能源議題，一為藻礁公投(停建三接)，一為重啟核四公投。但由於目前公投的立場多是以藍綠區分，兩個陣營在此兩項公投上攙雜一些政治因素，再加上藻礁公投還涉及生態問題，使得原本應合併考量的兩個能源議題，至今多被視為彼此互不相干的問題。
純以能源角度觀之，兩項公投涉及三個問題。一為電力供應問題，二為碳排空污問題，三是核四安全問題。我們先檢視兩項公投對電力供應與碳排空污造成的影響，而後再討論核四安全問題。
若僅以電力供應與碳排空污兩個面向來看公投，我們發現會有四種不同的組合。首先是藻礁公投不同意與核四公投同意。此為所謂的「天使之組」。此一組合可以同時保有天然氣與核能發電，不但電力調配的空間大增，也可以迅速的取代燃煤發電，在最大程度上增加電力與減少碳排空污。筆者稱之為「核氣雙贏組」。
第二個組合是藻礁公投同意與核四公投不同意，此為最糟的「死亡之組」，我國將頓失天然氣與核能兩項電力，缺電必然發生，如果想要不缺電就必須增加燃煤發電，將造成空污與碳排放的惡化，並導致煤炭繼續主導台灣的電力，筆者稱之為「空污缺電組」。
剩下的兩組為次佳選項，也是藍綠雙方的立場。一為綠營主張的「天然氣組」，即藻礁公投與核四公投均不同意。此選項雖然不如「核氣雙贏組」，但仍可保有不缺電及一定程度的排放減量。另一為藍營主張的「核電組」，即藻礁公投與核四公投均同意，同樣可以保有一定程度的不缺電與排放減量，在排放減量上尚優於「天然氣組」。
但「核電組」有一個問題，就是核四安全性問題。核四到底安不安全，各界說法莫衷一是，沒有人知道確切的答案。有些人為了避免可能重啟到不安全的核四，因而會投反對票。這是一種在資訊不明下的保險措施，實在無可厚非。然而，筆者要說的是，若真正以安全性做為投票依據，反而要投同意票。
這是因為即使公投通過，核四最後也不一定能重啟，它仍然需要經過法訂程序的檢驗，直到符合安全標準為止。原能會日前曾表示，若公投通過，「原能會將以更嚴謹的安全管制標準審核」。這樣的說法令我們很安心，即使公投通過，也不會讓不安全的核四上路。這麼說來，同意重啟核四僅是給核四一個真正可以檢驗其安全性的機會。經過這樣的檢驗，若將來還是決定要棄置這座造價2838億台幣的核電廠，大家也能較無遺憾。
由以上的分析可知，公投最佳組合是超越藍綠的「核氣雙贏組」，也就是藻礁公投不同意與核四公投同意。若因某些原因實在無法投下這個組合，也請在次佳的藍綠組合中擇一投票，千萬不要落入「空污缺電組」的陷阱中。例如，若實在對核四的安全性無法釋懷而必須投反對票，請在藻礁公投上亦投反對票(綠營立場)；若實在太珍愛藻礁而必須同意停建三接，也請在重啟核四上投同意(藍營立場)。
