本次藻礁公投主要是問投票人是否同意停建(遷移)三接，在公投選票只會出現這個主文，投票人就同意或不同意擇一做答，不會再有其他題目。但在現實上，如果選擇同意，投票人還需繼續作答第二題，這個題目雖不會在公投選票上出現，但卻是大家不得不回答的問題。
這個隱藏版第二題的題目是：「在三接停建後，你想要保有以下哪個項目：1.不缺電；2.減少碳排空污？」本題只能就兩者擇一，沒有以上皆是的選項。
之所以只能二選一，主要是在「停建三接」、「不缺電」與「減少碳排空污」間存在者一種三難情境。三者無法同時達到，最多只能保有其中兩項。
停建三接最直接的影響是，規劃中的燃氣電廠將因而發生供氣不足問題，影響未來的供電。若要確保供電無虞，目前唯有延役燃煤電廠一途較為可行，如此則需要犧牲「減少碳排空污」。若要優先選擇「減少碳排空污」，不延役或甚至提早除役燃煤電廠，台灣則須忍受缺電之苦。
另一方面，民眾若欲同時保有「不缺電」與「減少碳排空污」，則不能停建三接。事實上，在現有的規劃下，要同時達到兩者已經有些吃力，若三接再停建，實現兩項目標的機率就更渺茫。
隱藏版第二題不只是投同意票的民眾需回答，也是政府要面對的問題。如果三接公投通過，政府想要保有「不缺電」或「減少碳排空污」？多數國家的政府會選擇「不缺電」。就像中國這些年一直標榜減碳，卻仍在遇到缺電時立刻毫無懸念的大量增加煤炭開採一樣。
由此可知，不管公投票上的題目或隱藏版的第二題是什麼，整個藻礁公投的終極題目可能會是：「台灣人民是否願意為藻礁，繼續吸入大量空污，並且忍受會使地球提早毀滅的二氧化碳繼續大量排放？」
這個終極題目是個殘酷的選擇，但只是故事的一半。故事的另一半是，台灣人民是可以同時保有藻礁及免受空污的威脅。之所以會有上述的終極題目出現，是基於公投領銜人的一個假設：「只要三接在原址興建，藻礁就會毀滅」。這個假設的真實性尚未受到檢驗，如果為假，則無須停建三接也可以保護藻礁。事實上，政府已提出一些降低三接對藻礁損害的提議，如果這些提議奏效，一切就豁然開朗，台灣人民也無需再面臨上述殘酷的三難困境。
然而，由於無法得知政府的提議是否奏效，以及對政府的不信任，藻礁公投至今仍是資訊不足的「盲投」。多數人可能仍會基於原本初衷去投票。但為了顧及台灣的未來，大家不應僅憑一時衝動或喜好投票，應以理性的態度，考量所有的得失後，再投下神聖一票。對於準備投同意票的民眾，更應該事先就隱藏版的第二題一併作答，有了答案後再去投票。
台灣在生態教育上已獲得巨大的成功，這次年輕人迅速聚集支持護藻礁就是一個最好的例子。但是，人畢竟不是神，不會一直犧牲自己的利益去維護生態，將維護生態與人民的利益相結合，才是可長可久。
若此次公投通過，最後卻讓台灣人民吃盡苦頭，將造成人民與生態維護的對立。在台灣環保已獲得長足進步下，台灣環保運動應可以考慮由以往不斷衝撞現有體制，逐漸轉換成尋求一個永續共贏的方式，在對台灣人民利益關鍵的地方放手，例如在護藻礁的例子上，即可認真考慮政府提案的可行性。
